V roce 863 přichází na Moravu Konstantin - Cyril a jeho bratr Metoděj jako křesťanští misionáři. Forma jejich misie byla katolická.

 

Z roku 1220 pochází nejstarší písemná zpráva o existenci "Nového hradu" (Novum castrum), jehož držitelem byl představitel nejvyšší české nobility i Jindřich Vítkovec, nejstarší syn Vítka z Prčice a zakladatel rodu pánů z Hradce, nesoucího ve svém erbu zlatou růži v modrém poli.

 

Roku 1223 se poprvé objevuje název Nova domus, který v pojmenování místa postupně zcela převládl. V té době bylo běžné, že při zakládání nových měst a hradů byla v těchto místech zaváděna i duchovní správa.

 

Mezi léty 1220 - 1237 Jindřich Vítkovec povolává do tržní osady pod hradem řád německých rytířů (svou činnost ukončil v J. Hradci někdy po roce 1450), uděluje mu patronátní právo k farnímu kostelu a zavazuje bratry k vybudování špitálu při tomto kostele.

Roku 1255 Jindřichův syn Vítek z Hradce potvrzuje německým rytířům patronátní právo k farnímu kostelu udělené jeho otcem a přidává řádu některé další majetky a svobody.

 

V roce 1269 vystoupením komtura Konráda mezi svědky na listině z roku 1269 je prokázána existence hradecké komendy řádu německých rytířů, náležející v pozdější době k nejvýznamnějším komendám tohoto řádu v českých zemích. V listině zemského komtura Jindřicha z Pieru z 13. října 1293 se Hradec poprvé připomíná městem (civitas).

Roku 1320 je většinou badatelů kladen příchod minoritů (odnož františkánského řádu) do J. Hradce. Působení druhé církevní instituce v poddanském městě, což pro tuto dobu nebylo obvyklé ani u většiny soudobých měst královských, demonstruje trvalý demografický, hospodářský, sociální i kulturní růst Hradce. Zdá se, že k povolání mendikantské řehole, přísně dbající zásad křesťanské věrouky, přispěla i potřeba vymýcení lidového kacířství, které právě na Hradecku dosáhlo během první poloviny 14. století největšího rozšíření v rámci českého státu.

 

S žebravým řádem minoritů vstoupil do ulic města hlas nové zbožnosti volající po návratu k životu podle původních evangelijních představ a ostře vystupující proti všem odchylkám lidové hereze.

Výzva papežského inkvizitora dominikána Havla z Hradce k hradeckým měšťanům, kteří sami vyznávají kacířství, nebo jej jakýmkoliv způsobem podporují, aby se dostavili ve stanoveném termínu bud' před inkvizitora, hradeckého faráře nebo kvardiána minoritského konventu, pocházející z let 1335 - 1342, je první jistou zprávou o přítomnosti mendikantského řádu v Hradci. Ilustruje jednotné úsilí oficiálních církevních kruhů o potlačení lidového odporu a zároveň je i důležitým a jednoznačným svědectvím o existenci dvou církevních ústavů města před rokem 1342 - minoritského kláštera u kostela sv. Jana Křtitele a farního kostela spravovaného komendou německých rytířů.

Roku 1340 papež Benedikt XII. vyhlásil proti heretikům na Hradecku první křížovou výpravu do Čech; hned následujícího roku se dozvídáme o následcích vzpoury, jež poničila Oldřichův hrad (a nepochybně tedy i město) a vypálila mnoho okolních vesnic.

Roku 1399 založili Heřman a Jan ml. z Hradce na Zárybnickém předměstí u konce mostu druhý městský špitál s kaplí sv. Alžběty (původně Navštívení P. Marie). Byl určen výhradně pro chudé se zdůrazněním stejných práv pro obyvatele české i německé národnosti.

 

Ve 14. století nad prostou a dosud převážně dřevěnou obytnou zástavbou s ojedinělými kamennými domy dominuje honosná architektura církevních staveb. Dokončený kostel sv. Jana Křtitele s přilehlým klášterem minoritů, po polovině 14. století nově přestavěný hlavní farní chrám Nanebevzetí P. Marie ve správě německých rytířů, kteří tu v jeho blízkosti měli patrně i svoji komendu, dva městské špitály s kaplemi a konečně kostelík sv. Václava s okolní osadou na návrší nad městem, to vše jsou stavby, které představují Hradec na přelomu 14. a 15. století jako jedno z nejrozlehlejších a nejvýstavnějších měst v Čechách tohoto období.

V době husitské stálo město většinou stranou současných sociálních a mocenských konfliktů. Na pozice husitů se postavil zcela jednoznačně pouze Oldřich Vavák, který byl na čáslavském sněmu roku 1421 zvolen jako čelný představitel husitské šlechty jedním ze správců země. Také jeho nástupce Menhart z Hradce, vzdělaný a obratný diplomat, těžil z počátku ze sympatií ke kalichu, svůj postoj však prozíravě změnil podporou stavovských zájmů českého panstva, v jehož řadách se účastnil vítězné bitvy u Lipan roku 1434. Vlastní husitské války se městu vyhnuly, snad jenom s výjimkou zpustošených předměstí roku 1434.

Oporou katolictví ve městě se stal nově povolaný řád přísné řehole františkánů (zvaných bosáků), který se usídlil roku 1457 na předměstí u kostela sv. Václava a roku 1478 na novém místě na severním předměstí, kde do roku 1491 vyrostl klášterní kostel sv. Kateřiny (působili v Jindřichově Hradci až do roku 1950).

 

Spolu s františkány zůstali ve městě nadále i minorité, přejímající zřejmě i některé městské duchovní povinnosti po německých rytířích (např. v kapli sv. Maří Magdaleny roku 1491). Tito odešli z města již někdy po roce 1450.

 

Roku 1564 po dohodě s Jáchymem z Hradce uvolňují minorité svůj klášter u sv. Jana Křtitele ke zřízení nového městského špitálu a odcházejí do Jihlavy.

Oživení činnosti českých bratří spolu s šířením luteránství ve městě i okolí v poslední třetině 16. století znamenalo upevnění pozic silné skupiny nekatolického měšťanstva. Smířlivý postoj vrchnosti k vyznavačům víry podobojí umožnil vznik utrakvistického kostela Nejsvětější Trojice vysvěceného roku 1594 uprostřed nového městského hřbitova.

S nábožensky laxním a tolerantním postojem Adamovým kontrastují snahy jeho manželky přísné katoličky Kateřiny z Montfortu. Nejspíše z jejího popudu přistoupil Adam roku 1594 k velkolepé fundaci jezuitské koleje. Nákladné výstavbě komplexu jezuitských budov v samotném jádru města padlo za oběť více jak dvacet městských domů, původní fara i starý špitál německých rytířů s kaplí sv. Maří Magdaleny.

 

Výstavbu koleje a semináře dovršila výstavba nové kaple sv. Maří Magdaleny na přelomu druhého a třetího desetiletí 17. století. Jezuitům svěřil Adam patronátní právo ke všem kostelům na svém dominiu a současně pověřil řád dozorem nad veškerým hradeckým školstvím. Školní výuka jezuitského gymnázia, jednoho z nejstarších v českých zemích, byla zahájena roku 1595.

V létech 1607 - 1608 žili v Jindřichově Hradci v jezuitské koleji dvě významné osobnosti, které byly později prohlášeny za svaté: a to John Ogilvie (*1589), skotský jezuita a mučedník, zemřel 10. března 1615 oběšen v Glasgow) a Melichar Grodecký (*1584), polský jezuita, umučený 7. září 1619 v Košicích na Slovensku, a za svatého byl prohlášen 2. července 1995, za návštěvy Košic papežem Janem Pavlem II..

Bulou papeže Urbana VIII. z 18. srpna 1625 obdržela jindřichohradecká fara výsady infulovaného proboštství. Farní kostel Nanebevzetí Panny Marie, zbudovaný do dnešní podoby a vysvěcený v roce 1382, byl povýšen na proboštský. Právo používání berly a mitry při slavnostních bohoslužbách mělo dodat patřičného lesku rozhodnému nástupu katolictví prosazovaného ve městě jezuity za trvalé podpory slavatovské vrchnosti.

 

Povýšení fary na proboštství spolu s navrácením městských privilegií zahájilo éru "smíření" Slavaty s hradeckým měšťanstvem, současně je i počátkem silné náboženské protireformace, propagačně podpořené okázalými církevními slavnostmi, výpravnými procesími a oslavami jezuity preferovaných světců.

Roku 1637 opatřili jezuité ostatky sv. Hippolyta, který se stal hlavním městským patronem, v čemž je následovali o něco později i hradečtí františkáni s ostatky sv. Theodora, uctívanými od roku 1682 v bosáckém klášteře.

 

Ostatky sv. Theodora obdržel Jan Karel Jáchym Slavata, řádovým jménem Karel Felix a Sancta Theresia od papeže Innocence XI. Při své návštěvě Jindřichova Hradce roku 1682 daroval františkánskému kostelu sv. Kateřiny, kde jsou do dnes.

 

Jan Karel alias Karel Felix a Sancta Theresia byl posledním mužským potomkem hraběcího rodu Slavatů. Po traumatickém zážitku z honu v roce 1662 vstoupil Jan Karel do karmelitánského řádu (po nějakou dobu byl generálním představeným). Byl přemlouván, i papežské dovolení mu bylo slíbeno, aby vystoupil z církevních služeb a ujal se osiřelého panství. On však odpověděl: "Když i rod Slavatů vymře, proto svět přece nezahyne". Z řádu nevystoupil a jako řeholník zemřel 21. července 1712.

Atmosféru náboženského života 17. století provází mohutný rozvoj výtvarných, hudebních a literárních umění. Zatímco zvolna umlká čilý stavební ruch předchozích desetiletí, potřeba nové, náboženským požadavkům doby vyhovující výzdoby chrámů obohacuje kostelní interiéry o umělecké importy obrazů, plastik i liturgických předmětů ze zlata a stříbra. S nimi soupeří řada sochařů, řezbářů i malířů působících přímo v Jindřichově Hradci. Většina jejich děl, o nichž se dovídáme z písemných pramenů, vzala za své při velkých požárech města v následujících stoletích.

 

Jenom vzácně dochované postranní oltáře z kostela sv. Maří Magdaleny (dnes součást výzdoby kostela sv. Jana Křtitele) i pozdější hlavní oltář u sv. Jana Křtitele, převážně díla domácích hradeckých řezbářů, svědčí o vysoké výtvarné kvalitě umělecké tvorby v Jindřichově Hradci v období raného baroka.

Církevní svátky a slavnosti střídají představení jezuitského divadla, rozvíjí se všestranná hudební a literární činnost literátských bratrstev. Významným členem literátského kůru byl až do své smrti roku 1676 Adam Michna z Otradovic, varhaník proboštského kostela, hudební skladatel, písničkář a básník, jedna z nejvýraznějších postav soudobé české kultury. Svůj vřelý vztah k milovanému rodišti vyjádřil v básni o sv. Hippolytovi: "Naposledy prosbu naší ó Hippolyte přijmi: z bídy, jenž zem česká snáší, Jindřichův Hradec vyjmi!"

V letech 1655 - 1661 působil jako profesor na jezuitském gymnáziu v Jindřichově Hradci P. Bohuslav Balbín, SJ. Za svého pobytu čerpal studiem pramenů v archivech v J. Hradci a v Třeboni materiály ke svým pracím o českých dějinách.

Z významných postav jindřichohradecké farnosti v posledních dvou stoletích byl probošt P. Vojtěch Benedikt Juhn (1826 - 1843), P. Josef Štěpán Claudius, kaplan a archivář a P. František Teplý, archivář.